В дальней части одного современного города находится здание, построенное в западном стиле. Это — закрытая библиотека под названием «Библиотека клевера». Мы играем за Айкаву Тихиро, обожающей книги и мечтающей работать с ними. Так она стала библиотекарем в этой загадочной библиотеке.

Странные таинственные события происходят вокруг нее. Книги меняют полки, ощущение, что кто-то за ней наблюдает, таинственные создания, появляющиеся ночью и представляющиеся как «завсегдаи с давних пор». Тем временем Тихиро готовит библиотеку к открытию… а в какой-то момент она не выдерживает и задает все свои вопросы. Ответ от «завсегдатаев» гласил: «Мы книги». (с)